Чтобы темы не плодить.
Тут интересно было бы посмотреть значение давление хотя бы тока в высокой линии (магистраль после компрессора) и думаю что можно было бы сделать правильные выводы.
Исходя же из имеющейся информации (и прежде всего - "Проходит, только после того, как машина постоит час-два."), предположу что основная проблема тут в конденсоре (радиаторе спереди машины), либо в электрике. В первом случае, из за высокой температуры в моторном отсеке и неэффективно работающем конденсоре, повышается давление и компрессор отключается мозгами. "Час-два" это как раз время пока все остынет до приемлемого уровня. Нужно осмотреть конденсор на предмет замятия его сот и чистоты. Касаемо электрики - думаю особо вдаваться в подробности нет смысла ибо - наука о контактах.
Касаемо же "недостатка фреона" - кондей не мог бы тогда "охлаждать отлично", да и по мере нагрева давление в системе бы тока поднималось не давая возможности мозгам отключить кондей из за низкого давления. Другое дело, что недостаток фреона сочетается еще и с плохой работой конденсора.
На самом деле это конечно далеко не все причины и лучше конечно обратиться к специалистам.